Он располагается на территории Холмогорского района и создан с целью сохранения уникального шелопнякового карста и пещер.
Сейчас на территории заказника зарегистрировано более сотни пещер, а это почти четверть всех известных пещер Поморья. Общая протяженность пещер, расположенных на территории Чугского заказника, превышает 15 километров. Самые крупные из них – система пещер Пограничная-Звездочка и пещеры Лунные Горы. Их протяженность 1,9 и 1,2 километра соответственно.
Еще одна гордость Чугского заказника – редкие виды растений. В их числе краснокнижные дриада точечная, ива деревцевидная, венерин башмачок и пальчатокоренник Траунштейнера.
